В 1620 году на деньги матери царя Михаила Фёдоровича инокини Марфы в скиту была построена деревянная церковь во имя Живоначальной Троицы с приделом во имя преподобного Михаила Малеина. 

31 июля 1633 года царь Алексей Михайлович даровал скиту независимость от Соловецкого монастыря и установил ему ежегодное содержание, а в 1638 году отдал скит под охрану сумского воеводы. 

В XVIII веке преподобный Иов Анзерский (в схиме — Иисус) организовал Голгофо-Распятский скит на горе Голгофа (высота 64 метра). 

В 1714 году им была построена первая деревянная церковь в память о Распятии Христовом. 

В 1856 году при архимандрите Досифее она была заменена каменным храмом, а деревянную церковь перенесли на вершину горы и заново освятили в 1865 году. 

В период Соловецкого ГУЛага анзерские скиты разделили судьбу остальных заведений монастыря — на острове было организовано шестое особое отделение лагеря. В настоящее время возобновлена деятельность Голгофо-Распятского скита.

С 2001 года на Свято-Троицком скиту возобновлено проживание монашествующих. А с августа 2009 года Патриархом Московским и всея Руси благословлён скитоначальником иеромонах Георгий (Курдогло).